房屋二次抵押是指在房屋抵押贷款已经存在的情况下，房屋所有者再次向银行或其他金融机构申请贷款，并以原有贷款已经抵押的房产作为再次抵押的担保物。在这种情况下，房产证是由谁保管呢？

一般而言，房屋二次抵押时的房产证会继续由原贷款机构保管。这是因为在房屋贷款过程中，银行或其他金融机构通常会将房产证作为贷款担保的一部分，因此在贷款还清前，他们有权合法地保管该房产证。

房产证的保管对于贷款机构来说非常重要，它可以作为确保贷款回收的手段。一旦房屋贷款逾期或未能按时还款，贷款机构可以依据房产证的相关协议，通过司法程序对房屋进行拍卖或变卖，以收回贷款。因此，保管房产证可以保证贷款机构在贷款违约等情况下维护自身的合法权益。

此外，保管房产证也有助于保障房屋所有者的权益。一旦贷款机构改变，房屋所有者可以向新的贷款机构申请贷款时，原贷款机构会将房产证交还给房屋所有者，以便于进行二次抵押手续。这样的安排可以确保房屋所有者在贷款变更或转移时拥有合法的房产证，并且无需通过额外的手续来申请或重新办理。

最后，需要注意的是，虽然房产证在房屋二次抵押过程中由贷款机构保管，但这并不意味着贷款机构对该房产证有所有权。房产证仍然属于房屋所有者的合法产权证明，只是在贷款期限内由贷款机构保管而已。

总而言之，房屋二次抵押时的房产证通常由原贷款机构保管。这样的安排既有利于贷款机构维护自身的权益，也有利于房屋所有者在贷款变更或转移时保障自己的权益。同时，值得一提的是，房产证仍然属于房屋所有者的合法产权证明，贷款机构只是在贷款期限内对其进行保管。